Pada saat ini, SPM pada dasarnya bersandar pada empirisisme kotak hitam. Metoda SPM menginputkan berbagai kaidah bersawah cara SPM ke dalam kotak hitam.
Lalu, luaran atau output kotak hitam itu, berdasarkan pengamatan petani dan penggagas SPM beserta sebagian warga Komunitas Dangau Inspirasi lainnya, adalah pertumbuhan vegetatif dan generatif padi yang lebih bagus, hasil padi yang lebih tinggi, kualitas beras yang lebih baik, dan keuntungan usaha tani yang lebih tinggi.
Namun demikian, tetap saja belum diketahui benar apa yang terjadi dalam kotak hitam tersebut sehingga inputs itu memberikan outputs yang teramati. Ada banyak pertanyaan “mengapa” untuk hasil SPM yang bagus-bagus itu.
Misalnya, mengapa bibit unggul yang dirancang untuk unggul hanya kalau diberi pupuk sintetis bisa memberikan hasil yang tinggi tanpa atau dengan pupuk sintetis yang minimal? Apa yang terjadi sebenarnya? Apakah tanah sawah sudah kaya unsur hara atau kebutuhan tanaman tidak sebesar yang diperkirakan?
Atau, apakah mulsa jerami demikian berpengaruh terhadap kesuburan tanah secara keseluruhan? Mengapa bedeng sawah yang tidak digenangi bisa mendukung pertumbuhan generatif yang bagus? Seberapa besar pengaruh mulsa jerami terhadap gulma dan hama?
Ada banyak lagi pertanyaan yang bisa diajukan. Menjawab pertanyaan-pertanyaan tersebut dengan penelitian analitis yang kuat akan menerangi “misteri” kotak hitam SPM; akan membuatnya lebih terpahami, lebih terduga dan terkendali, untuk kepentingan petani dan ketahanan pangan masyarakat.
Mungkin juga akan ketahuan nantinya apakah SPM cocok untuk semua kondisi sosiobiofisik atau terutama pas untuk lokasi tertentu saja.
