Selain banyaknya individu Rafflesia di Cagar Alam Batang Palupuh juga ditemukan individu individu lain, seperti bunga Rhizanthes dan bunga bangkai yang hampir setiap tahun mekar sempurna.
Bunga-bunga langka dan dilindungi itu tumbuh secara berdekatan satu sama yang lain dengan kondisi hutan yang rindang. Selama Tahun 2022 ditemukan sebanyak 43 individu bunga Rhizanthes Lowii ditemukan di kawasan Cagar Alam Batang Palupuh.
Rhizhanthes adalah jenis tumbuhan berbunga dan termasuk parasit sejati yang dapat tumbuh tanpa daun, batang, akar dan klorofil, sehingga ia tidak mampu melakukan fotosintesis.
Menurut Kartawinata (1976) cagar alam ini termasuk formasi hutan hujan tropis. Secara umum berbagai tumbuhan yang terdapat di dalam kawasan ini terdiri dari pohon dikuasai oleh jenis-jenis dari Famili Lauraceae, Myrtaceae dan Euphorbiaceae. Golongan Liana didominasi oleh Famili Vitaceae, Epifit terdiri dari keluarga pakupakuan dari Famili Aspleniaceae, dan Orchidaceae dan beberapa parasit akar, seperti Rafflesia Arnoldi, Rhizantes Zippeli dan Balanophora Elongata.
Berdasarkan penyebaran bunga Rafflesia Arnoldi kawasan cagar alam ini dibedakan atas dua areal, yaitu areal yang terdapat Rafflesia sp dengan luas 1,3 hektare, dan areal non Rafflesia dengan luas 2,1 hektare (Syahbuddin. 1981).
Pada areal yang mengandung Rafflesia terdapat jenis-jenis flora, antara lain jenis Villebrunea Rubenscens, Sauraia Vulcanica, Nauclea Purpurascens, Clonea Sigun, Commersonia Batramia, Litsea Velutina, Liana jenis Tetrastigma sp, dan jenis Endo Parasit Rafflesia Arnoldi.
Pada areal non Rafflesia dikuasai oleh jenis Villebrunea Rubescens, Litsea Vilutina, dan Nauclea Purpurascens, terdapat juga jenis Toona Sureni, pada tingkat sapling terdapat jenis Cofea Robusta yang menyebar dari lahan masyarakat.
